2005年12月21日，金山软件宣布收购华义国际在大陆业务，接管包括《石器时代》在内的游戏产品，2006年2月《石器时代》在经过研发升级后，定名《新石器时代》，作为金山的首款免费网游于当年3月9日正式上线运营。

　　此次停止运营是受到华义国际与《石器时代》开发商日本游戏公司DigiPark Inc的官司影响。DigiPark因不满华义国际在运营过程中授权第三方进行掌机平台游戏开发，于2003年4月正式向中国台北地方法院提起诉讼。

　　然而多年双方一直处于焦灼状态。2008年6月24日，这场纠缠多年的官司最终定案，经中国台湾最高法院裁定后，判定华义国际停止运营《石器时代》。华义方面对此结果表示伤心，但仍尊重判决结果做出停运决定，因此该游戏的内地运营商金山也被迫停运游戏。

　　据金山内部人士透露，金山当年收购华义大陆业务主要是研发团队，然而免费的《新石器时代》并未给金山带来显著的市场反应。近两年金山将精力放在自主研发的网游上面，并未在《新石器时代》做大力宣传，目前原团队人员已所剩无几。

　　金山市场部人士表示，《新石器时代》停运并不会给金山网游业绩造成影响，不久前，金山宣布网游《封神榜2》公测破20万大关，上述人士称目前金山网游精力将主要放在自主研发产品的市场推广上。

　　有市场人士认为，近年来内地网游自主研发实力不断加强，另一方面竞争也相当激烈，虽然《石器时代》曾造就过一代网游辉煌，但早已失去核心竞争实力，停止运营或为金山网游“甩掉包袱”，更专注于自主研发产品的运营。